La sezione Strumenti ospita una pagina dedicata alla Bibliografia generale (preceduta dalle Bibliografie già edite), una pagina dedicata ai RIS e infine una pagina dedicata al periodico edito dal Centro studi muratoriani: Muratoriana, pubblicato dal 1950 al 1988, che idealmente continua nel nuovo titolo:Muratoriana online.
Non mancano un Notiziario di aggiornamento e una pagina dedicata ai maggiori siti di interesse muratoriano.