Uno dei compiti più importanti e gravosi del Centro di studi muratoriani è l'edizione del Carteggio, cioè dell'insieme delle lettere scritte e ricevute da Muratori, raggruppate per corrispondente, secondo l'ordine alfabetico.

Questo progetto, che prevede 46 volumi (di cui 20 già usciti, in ordine sparso), ha ricevuto, con Decreto presidenziale 5 Giugno 1967, il rango di Edizione Nazionale, e ha pubblicato i primi volumi nel 1975.

Accanto al carteggio si pubblica anche la “Biblioteca del carteggio”, che raccoglie monografie o atti congressuali di argomento muratoriano.